En el año de 1502 Cristóbal Colón desembarcó en la Isla de Guanaja, llamada también Isla de los Pinos, en el Departamento de las Islas de la Bahía. A la llegada de los grupos españoles Honduras estaba habitado por descendientes de los mayas y otras etnias locales. Cristóbal de Olid llevó a cabo la conquista de estas tierras en nombre de los reyes de España.

Posteriormente se fundó la ciudad de Trujillo y bajo las órdenes de Gonzalo de Alvarado se fundó Gracias, y la Villa de Santa María de Comayagua pasó a ser la futura capital de Honduras.

En 1542, la Audiencia de los Confines se encargó de administrar los territorios que se extendían desde Cozumel hasta Panamá. En 1821 se proclamó la Independencia de España y Honduras pasó a formar parte del Imperio Mexicano de Iturbide.

El general y político de Honduras Francisco Morazán fue varias veces jefe de Gobierno de Honduras y en varias ocasiones invadió Guatemala. Al suscitarse la separación de Honduras del resto de los países que conformaron la República General de Centroamérica, Honduras adaptó el sistema de gobierno republicano, democrático y representativo, bajo el cual se administra el país.

En la actualidad el gobierno está presidido por Carlos Roberto Reina Idiáquez, elegido en el año de 1993.