Existen vuelos internacionales a Tegucigalpa y San Pedro Sula con conexiones regulares hacia los demás países de América Central y demás países de Norteamérica (American Airlines, Taca, y la línea TAN/SAHSA, ofrecen estas conexiones internacionales).

TAN/SAHSA ofrece vuelos nacionales hacia las ciudades de San Pedro Sula, La Ceiba, Roatán y Guanaja (Islas de la Bahía). Otras compañías más pequeñas como Sosa Airlines e Isleña ofrecen diversos vuelos hacia las Islas de la Bahía y as zonas de La Mosquita (La ceiba).

El Aeropuerto Internacional de Toncontín se encuentra a 7 kilómetros del centro de Tegucigalpa.

Es un medio muy común de transporte entre las Islas de la Bahía y el resto del Caribe.

El único servicio de tren circula en el norte entre San Pedro de Sula, Puerto Cortés y Tela. Se trata de vagones lentos, pero muy económicos.

Hay una extensa red que comunica la mayoría de las ciudades del país. En algunos trayecto tan solo existe un autobús de ida y otro de regreso.

Debido a los últimos acontecimientos, las carreteras pueden estar en mal estado, e incluso algunas poblaciones sin comunicación terrestre. Se pueden alquilar coches en la mayoría de las ciudades. Algunas calles no están pavimentadas.

Las ciudades están llenas de taxis pero se aconseja negociar el precio antes de empezar el viaje.