Sin lugar a dudas, el río Paraguay, el tercer río más largo de América y que divide al país en dos zonas muy diferenciadas, es el centro de todo el ecosistema. Al oeste del Chaco, (el otro río de importancia en el país), se localiza una extensa zona árida, ocupando más de la mitad del territorio del país. Por el contrario, hacia el este, donde se concentra la mayoría de la población, las tierras son fértiles, incluso en determinadas áreas se pueden ver bosques de tipo subtropical, concretamente en el curso del Río Paraná, que marca la frontera con Brasil y Argentina.

La fauna paraguaya es muy diversa y rica, abundante en mamíferos, (destacando jaguares y tapires), reptiles (como la boa constrictor) y aves.