Puerto Rico tiene varios aeropuertos, pero el más importante de todos es el de San Juan Luis Muñoz Marín de Isla Verde, que es utilizado tanto para los vuelos nacionales con destino San Juan, como por la mayoría de las aerolíneas internacionales. Es el mayor nudo de comunicaciones aéreas internacionales del Caribe. El segundo aeropuerto de San Juan es el de Isla Grande, al otro lado del estuario, donde también es posible alquilar avionetas. Las ciudades de Ponce y Mayagüez también cuentan con aeropuertos modernos, aunque pequeños.

Distintas compañías aéreas ofrecen vuelos interiores diarios desde San Juan a Ponce, Mayagüez, Aguadilla, Culebra y Vieques.

American Eagle realiza vuelos desde el aeropuerto de Isla Verde a Mayagüez; Vieques Air Link, vuela desde Isla Verde a la isla de Vieques; y Flamenco Airways, tiene cuatro o cinco vuelos diarios (según la temporada) desde Isla Grande a la isla de Culebra. Desde la isla operan American Eagle, que realiza vuelos a 31 destinos dentro del Caribe; y Carnival Air Lines, que vuela desde Ponce y Aguadilla a Nueva York y Nueva Jersey.

El Puerto de San Juan es uno de los mayores centros de operaciones de cruceros del mundo. Veintiocho barcos utilizan este puerto como base operativa y es cada día mayor el número de cruceros que, o bien parten de San Juan, o bien hacen escala en su puerto.

Una línea de transbordadores conecta la isla principal con las de Culebra y Vieques, incluyendo el servicio de automóviles. El transbordador Catano une los dos márgenes de la Bahía de San Juan y es un medio ideal para acceder a las instalaciones de las destilerías Bacardí.

Los trols (trenes descubiertos) son un medio de transporte típico que transitan las estrechas calles de la ciudad vieja de San Juan. Parten de La Puntilla y de La Marina, pero también se pueden tomar en cualquier otro punto de su recorrido. Disponen de varias paradas y son gratuitos.

Las llamadas guaguas son los autobuses que realizan recorridos por la ciudad de San Juan bajo la supervisión de la Autoridad Metropolitana de Autobuses; y los públicos son unos autobuses o minibuses con billete de tarifa según el destino, que enlazan todas las ciudades y pueblos de la isla, con numerosas frecuencias a lo largo del día; generalmente se detienen en las plazas mayores de cada localidad. Son cómodos y baratos y pueden ser una buena alternativa al coche privado.

El autobús Ruta Panorámica recorre la isla serpenteando carreteras que ofrecen precisamente eso (hermosas panorámicas), desde las que se pueden apreciar espectaculares vistas.

Además de estos medios, la isla dispone de una red de carreteras que permite fáciles desplazamientos a cualquier punto de la isla, y es que el coche es la mejor forma para conocer a fondo todos los rincones de Puerto Rico. En la terminal del Aeropuerto Muñoz Marín hallará las oficinas de las principales empresas internacionales de alquiler (Avis, Budget, Hertz y National).

Es fácil encontrar taxis, autobuses y automóviles de alquiler en los aeropuertos y en los principales hoteles de Puerto Rico. En los taxis es obligatorio el uso del taxímetro, a menos que se negocie con el taxista un servicio por horas. Este servicio está controlado por la Comisión de Servicios Públicos, y el cargo por cada pieza de equipaje es de medio dólar.