Tras la desaparición de las Líneas Aéreas Yugoslavas (JAT), han surgido en Macedonia varias compañías locales (Avioimpex, Makedonija AS, Vardar Air y Palair) que ofrecen vuelos directos desde Skopje a ciudades en Alemania y Suiza. Makedonija AS tiene también un vuelo a Zagreb. El impuesto de aeropuertos en Macedonia es de 15 dólares norteamericanos aproximadamente.


Macedonia no tiene salida al mar.


Trenes expresos recorren cinco veces al día el trayecto entre Skopje y Belgrado (472 kilómetros en siete horas), y se puede dormir en literas en el servicio nocturno. Hay trenes dos veces al día con destino Grecia (Tesalónica y Atenas). También se puede llegar por tren desde Viena y Salzburgo. En el interior los trenes no son de mucha utilidad al viajero. El tren entre Skopje y Bitola tarda cuatro horas en cubrir un trayecto de 229 kilómetros.


Hacia o desde Croacia es necesario hacer transbordo en Belgrado y Hungría. Entre Bulgaria (Sofía) y Skpoje hay un servicio diario. En el interior, el servicio de autobuses funciona bien, con viajes frecuentes entre Skopje y Ohrid y Bitola.